1920년 10월 2일, 400여 명의 마적들이 훈춘의 일본영사관을 급습했다. 마적들은 영사관에 불을 지르고 일본인과 조선인 17명을 살해했다. 이것이 이른바 훈춘사건이다. 간도 출병의 구실을 만들기 위해 일제가 벌인 자작극으로 마적들의 배후에는 일본이 있었다. 이미 독립군 토벌작전을 수립하고 간도출병의 기회만 노리고 있었던 일제는 자국민의 생명과 재산을 보호한다는 구실을 내세워 만주로 대대적인 병력을 투입했다. 일본군은 간도에 거주하는 한인들을 닥치는 대로 학살했다. 불과 두 달 동안 3,600여 명의 한인들이 피살되고, 민가 3,500여 채, 학교 60개가 불탔다. 명동학교는 일본군이 가장 먼저 노린 공격 대상이었다. 처음부터 명동학교를 항일독립운동의 근거지로 지목하고 대대적인 수색에 들어갔다. 학교를 샅샅이 뒤진 끝에 조선과 일본의 영토를 분리 표시한 지도와 태극기를 찾아내 트집을 잡았다. 명동학교는 일본군의 손에 소각됐다. 간도 이주 한인들이 독립의 꿈을 키우며 가꾸었던 학교는 그렇게 사라지고 말았다.